Parti örgütü üzerinde tam bir denetim gücü olmayan Dubcek, eski kuşak yöneticilerinden kurtulmak için bu kişileri kamuoyunun baskısıyla karşı karşıya bırakma yoluna gitti. Tutucu kanat hızla çözüldü. Novotny ve çevresi de sert bir mücadeleden sonra çekilmek zoruda kaldı.
Oldrich Cernik başbakan, Ota Sik ekonomik reformlardan, Husak da Slovakya’dan sorumlu başbakan yardımcısı oldu. 1950’lerin siyasal kurbanlarından Svoboda Cumhurbaşkanlığına, Josef Pavel İçişleri Bakanlığına getirildi. Parti Prezidyumu’nda yeniler çoğunluğu ele geçirdi ve partili genç aydınlar bir Eylem Programı hazırladılar.
5 Nisan’da Merkez Komitesi’nin onayladığı Eylem Programı’nın en önemli noktaları, Slovaklar için özerklik (federasyon), sanayi ve tarım reformları, yurttaşlık hak ve özgürlüklerinin güvence altına alınmasıydı. Ayrıca yasama, yürütme ve yargı erklerinin birbirinden ayrılmasını, hükümetin meclise karşı sorumlu olmasını ve mahkemelerin bağımsızlaştırılmasını öngörüyordu. Programda, Komünist Partinin seçimlerde öbür siyasal güçlerle yarışarak önderliğini kanıtlaması ve parti içindeki bütün görevlilerin seçimle belirlenmesi savunuluyordu.
Bu gelişmeler Çek kamuoyunda, beklenmedik sonuçlara yol açtı. Basında sansürün kaldırılmasının ardından, siyasal partiler hızla örgütlenmeye başladı. Kiliseler çoktan unutulmuş ulusal azınlık ve insan hakları dernekleri etkinlik göstermeye başladı.
27 Haziran’da Literarni Listy’de demokratik gelişmenin daha da hızlandırılmasını isteyen ve çeşitli kesimlerden pek çok sözcünün imzasını taşıyan “İki Bin Sözcük” adlı bir bildiri yayımlandı. Dubcek bu gelişmeden kaygılanmakla birlikte, Çekoslovakya’daki dönüşümü yönlendirebileceği kanısındaydı. Ama SSCB’nin tutumu belirgin bir biçimde değişti. Dubcek, Varşova Paktı üyelerinin bu tehlikeye karşı Çekoslovakya’yı koruyacaklarını belirten uyarı mektubuna karşın bu gerginliği görüşmeler yoluyla çözme umudunu sürdürdü.
Bu nedenle de Parti Prezidyumu’na ülkenin işgalini önlemek için kuvvetlerin sınıra kaydırılması önerisini getiren General Brejnev’in çağrısı üzerine Sovyet Politbüro üyeleri ile Çekoslovak yöneticilerinin katılacağı bir konferansta sorunları görüşmeyi kabul etti. 3 Ağustos 1968’de Doğu Bloku parti temsilcilerinin katılımıyla Bratislava’da yapılan toplantı sonunda, basının daha sıkı bir denetim altına alınması koşuluyla Çekoslovakya üzerindeki baskının azaltılacağı izlenimini uyandıran esnek bir bildiri yayımlandı.
Ama 20 Ağustos akşamı; SSCB, ADC, Polonya, Macaristan ve Bulgaristan birlikleri Çekoslovakya’ya girdiler ve önemli bir direnişle karşılaşmaksızın ülkeyi işgal ettiler. Dubcek, Cernik ve öteki önemli yöneticiler tutuklanarak Moskova’ya gönderildi. Halk işgale çeşitli pasif direniş taktikleriyle karşı koymaya yöneldi. 22 Ağustos’ta toplanan XIV. Parti Kongresi, Dubcek yanlısı bir Merkez Komitesi ve Prezidyum seçti. Ulusal Meclis Dubcek’e bağlılığını belirterek olağan toplantılarını sürdürdü. 23 Ağustos’ta Cumhurbaşkanı Svoboda ve Husak bir çözüm yolunu görüşmek üzere Moskova’ya gitti. Anlaşmaya varılmasından sonra Dubcek ve öbürleriyle birlikte Prag’a geri dönen Svoboda, Sovyet birliklerinin ülkede kalacağını, siyasal ve kültürel etkinliklerin daha sıkı bir denetim altına alınacağını ve Batı’yla ekonomik işbirliğinin kısıtlanacağını açıkladı.
Sovyet birliklerinin varlığı tutucu kanada, Dubcek ve reform yanlılarına kesin bir darbe vurma olanağını sağladı. 26 Ağustos Moskova Protokolü uyarınca XIV. Parti Kongresi geçersiz sayıldı. Böylece yeniden iktidara gelen tutucular, Sovyet baskınından ve reformcular arasındaki bölünmeden yararlanarak adım adım amaçlarına ulaştılar. Bu arada ayrı ulusal meclisleri ve hükümetleri olan Çek Sosyalist Cumhuriyeti ve Slovak Sosyalist Cumhuriyeti’nin kurulmasıyla federal bir cumhuriyet sistemi oluşturuldu. Jan Palach adlı öğrencinin ulusal bağımsızlığın çiğnenmesini protesto etmek için kendini yakması kamuoyunda geniş yankı uyandırdı. Yakın çevresinin görevden uzaklaştırılmasına göz yuman Dubcek sonunda yalnız kaldı ve Nisan 1969’da birinci sekreterlikten alındı. Dubcek’in yerine geçen Husak, reform deneylerinin sona erdiğini ve eski düzene dönüleceğini ilan etti.